Действие по-прежнему разворачивается на острове N.Sanity, с полюбившимся Крэшем в главной роли и злодеем Dr.Neo Cortex. Но, тем не менее, в игре не обошлось и без нововведений, главным из которых является ввод в игру нового положительного персонажа — компьютерного гения, и по совместительству сестры Крэша Coco Bandicoot. А также неожиданно на сторону Крэша встаёт известный с первой части Dr. Nitrus Brio. Главными драгоценностями остались кристаллы и камешки, как серые, так и разноцветные.